はい、あります。
出張封印できない場合の代表的な例は、所有者が自動車販売業者になっている場合ですが、そのほかにも、
・ナンバーの再交付のみの場合（破損、汚損、盗難等）
・字光式ナンバープレートの車
・（希望）ナンバーのみの変更、（所有者、使用者、住所等の変更が何もない）（ご当地ナンバーへの変更は除く）
・新規登録車（新車及び中古新規）（新車新規はOSSによる申請の場合は出張封印ができます）
・ナンバープレートを取り付けているビスが極端に錆びている場合や、通常の長さ（15mm）以外の場合（いたずら防止ねじなど特殊なネジを使用しているなど、ビスの取り外しが困難な自動車）
・車台番号の確認が困難な自動車・・・一部の平行輸入車等、車台番号の打刻箇所が極度に錆びていたり、極度に汚れており、拓本もしくは写真を撮るのが困難な場合といった場合があります。